Das Museum in Bersenbrück geht zurück auf eine Gründung des Bersenbrücker Landrats Dr. Hermann Rothert (Amtszeit 1911-1933). Das alte Klostergebäude, das ab 1231 ein bedeutendes Kloster der Zisterzienserinnen war, beherbergte zuvor im 19. Jahrhundert den Sitz der hannoverschen Amts- und dann der preußischen Kreisverwaltung bzw. die Wohnungen der führenden Verwaltungsbeamten bis zum Umzug der Verwaltung in das 1912 fertiggestellte neue Kreishaus.So konnte Rothert 1924 das Kreismuseum des Altkreises Bersenbrück eröffnen.
Seit dem Übergang an den Landkreis Osnabrück 1972 fungierte das Haus als „Museum des Landkreises Osnabrück“. Das Haus verfügt über eine alte Museumssammlung, die ab 1912 qualitätvoll zusammengetragen wurde und eine Schatzkammer der regionalen Sachkultur ist.
Zwischen 2016 und 2018 wurde das Museumsgebäude nach Feststellung größerer Bauschäden an Fundament, Mauerwerk und Dachkonstruktion grundlegend saniert. Die Arbeit konzentrierte sich auf den denkmalgeschützten historischen Bauteil, ein neuerer Teil wurde abgerissen. Ende Oktober 2018 wurde das Museum als Museum im Kloster wiedereröffnet und konzentriert sich seitdem wieder auf die Geschichte der Region des Altkreises Bersenbrück. Dies ist das Ergebnis von professionell geleiteten Workshops im Jahr 2015, an denen zahlreiche ehrenamtlich Engagierte und Vertreter der örtlichen Heimatvereine, unabhängiger Wissenschaftler, Vertreter der Lokalpolitik sowie Vertreter des Landkreises teilnahmen und sich auf die grundsätzliche Ausrichtung des Museums verständigten: eine Neukonzeption und –gestaltung auf der Grundlage eines regionalhistorisch-kulturgeschichtlichen Museums unter Bewahrung der charakterbildenden Elemente des Hauses, z.B. der translozierten Bauernhausdiele von 1924.
